Die BSDEX wird von der Baden-Württembergischen Wertpapierbörse GmbH (BWWB GmbH) betrieben, die ferner auch als Trägergesellschaft der öffentlich-rechtlichen Börse fungiert. Die BWWB GmbH reguliert den Handel mit einer eigenen Marktordnung und überwacht dessen Ordnungsmäßigkeit. Technischer Betreiber ist die Boerse Stuttgart Digital Exchange GmbH, eine Tochtergesellschaft der Gruppe Börse Stuttgart.